Parte dos recursos arrecadados através de ações realizadas com as Empresas Parceiras da Natureza, são destinados a programas e projetos realizados ou mantidos pelo IBDN.

Protetores da Natureza - projeto de educação ambiental destinado ao ensino fundamental e médio, com distribuição de cartilhas, realização de palestras e atividades lúdicas nas próprias escolas, além da implantação de coleta seletiva, economia de energia e o uso consciente da água.

Pró-Gaia (Programa de Gestão Ambiental Interdisciplinar Acadêmico) - este programa tem como objetivo buscar novas tecnologias sustentáveis dentro dos centros acadêmicos, viabilizando a sua implantação no mercado, servindo como elo entre as universidades e a iniciativa privada.

GEDAM (Grupo Especial de Defesa Ambiental) - desde 2003 voluntários capacitados pelo programa AAV (Agentes Ambientais Voluntarios do IBAMA) trabalham na investigação de crimes ambientais e no combate ao tráfico de animais silvestres. Além do IBAMA este projeto conta com o apoio da Policia Ambiental do estado de São Paulo.

Índios do Brasil - projeto de resgate da cultura e inclusão social do indígena brasileiro, que tem como objetivo manter viva a história e os costumes destes povos, utilizando ações e iniciativas que promovam o bem estar e a qualidade de vida nas aldeias. O Chanceler e Cacique Mestre do violão Robson Miguel é o responsável por este projeto desde 2006.