O IBDN segue as resoluções vigentes de compensação de emissões e restauração florestal tendo como objetivo, fixar o carbono emitido pelas atividades antrópicas estabelecidas de acordo com RESOLUÇÃO SMA-030, DE 14 DE MAIO DE 2009 , que Estabelece orientação para projetos voluntários de reflorestamento para compensação de emissões de gases de efeito estufa. Os projetos de restauração florestal têm por objetivo não só remover e estocar carbono da atmosfera, mas agregar valores que ampliem a qualidade ambiental de paisagens rurais, aumentando os benefícios para a biodiversidade, melhorando os recursos hídricos, auxiliando na conservação do solo, além de evitar a erosão.

Os Projetos de Restauração Florestal devem obedecer aos critérios estabelecidos pela Secretaria de Meio Ambiente do Estado de São Paulo através da RESOLUÇÃO SMA- 08, DE 7 DE MARÇO DE 2007 que tem, como objetivo, respeitar as características do ecossistema a ser restaurado. Deve-se plantar um mínimo de 80 espécies nativas diferentes por hectare, respeitando critérios de divisão por classe de sucessão e condições específicas do local escolhido, visando restaurar a vegetação nativa da área, tentando criar uma estrutura mais próxima do possível de sua vegetação original.
As árvores são plantadas em Áreas de Preservação Permanente (APPs) de acordo com a RESOLUÇÃO CONAMA Nº 429, DE 28 DE FEVEREIRO DE 2011 •, em parques públicos, compostas por áreas ciliares degradadas localizadas dentro dos limites do Bioma Mata Atlântica (vide CADERNOS DA MATA CILIAR 2 ) e Floresta Amazônica, que além de contribuírem para a restauração e conservação destes ecossistemas de grande importância nacional e mundial, fixarão ao longo dos anos os GEE contabilizados na forma de CO2e. Após a implantação do restauro, é realizada a manutenção durante 24 meses de acordo com a mesma resolução, a SMA 08 (controle de espécies invasoras, combate a formigas, replantio, entre outros.), após este período o restauro é monitorado anualmente. A cada cinco ano é feito o monitoramento do carbono absorvido seguindo as diretrizes estabelecidas pela UNFCCC.